针对复杂电磁环境中，基本的两通道干扰对消系统背景干扰相关性差、对消误差大的问题，提出一种频域多路径电磁干扰对消方法。该方法利用变分模态分解(VMD)的分频特性将两通道信号分解为多个具有相同中心频率和分解带宽的模态信号，利用分解后的模态信号构造多路径干扰对消系统。然后利用反向传播(Back Propagation,BP)神经网络对每一路径上的信号进行非线性拟合并对消，从而获得真实的被测设备(EUT)辐射发射信号。仿真与实验测试结果表明，该方法得到的EUT辐射发射信号与真实EUT辐射发射信号相比，功率误差低于1dB且信号相关性高于96%。与变步长LMS算法、EMD-LMS算法相比，功率误差至少降低3.6dB，信号相关性至少提高15%。该方法适用于复杂环境下EUT电磁辐射发射测试。